Aniston là người ủng hộ cho nhiều quỹ từ thiện. Cô là người hỗ trợ cho Friends of El Faro, một tổ chức phi lợi nhuận thường dân giúp gây quỹ cho Casa Hogar Sion—một trại mồ côi tại Tijuana, Mexico và đã xuất hiện trong nhiều chương trình quảng cáo thương mại trên TV cho St. Jude's Children's Research Hospital mà cô là một nhà tài trợ chính. Cô cũng một lần xuất hiện với tư cách khách mời trên Oprah's Big Give show để ủng hộ cho sự nghiệp và giúp đỡ bằng tiền mặt. Aniston đã tổ chức Stand Up to Cancer show tháng 9 năm 2008. Trong chiến dịch "It Can't Wait" để giải phóng Myanma, Aniston đã đạo diễn và đóng trong một video. Ngày 14 tháng 4 năm 2007, Aniston nhận được Giải Vanguard của GLAAD vì những đóng góp của cô làm gia tăng tầm nhìn và thấu hiểu với người đồng tính nữ, người đồng tính nam, người lưỡng tính và cộng đồng chuyển giới.